游戏总共包含五个章节，不卡关的情况下，通关时长平均在二十到四十小时之间。每一章都是精心设计的箱庭关卡，但与传统章节游戏不同的是，明末的体验几乎是全程无缝衔接的。也就是说，从第一章推进到第二章时，不会弹出明显的提示告知你章节的切换。一切的转场都通过场景推进、环境变化以及任务线自然过渡。再加上游戏本身没有地图或者明确的指引系统，因此在探索中很容易出现走错的感觉。

不过也不用担心，所有看似复杂的岔路，在整体地图中都有着清晰的意图划分。有些是通向支线任务和隐藏boss地区，有些则是解锁门不能从这一侧打开的关键路径。玩家也可以通过击败boss后的提示，来判断当前的流程。支线或者隐藏地区boss击败后会显示为诸行无常，主线推进击败的boss则会显示为因果之循。总之不论如何探索，最终都会回到主线区域才能真正推进流程进入下一片区域。在不断探索的过程中，首先要理解的就是神龛系统。

神龛共有三个影响探索的关键功能，第一个入梦。主要恢复状态并补充资源，入梦后会刷新全部小怪，但已击败的boss和精英敌人不会复活。第二个羽渡代表快速移动，羽渡中神龛区域的排序代表主线流程推进的方向，带有角色头像的神龛则提示该区域存在可推进的支线或者对话事件。第三个斗转星羽代表加点，它与游戏中唯一资源赤汞挂钩。赤汞是玩家击败敌人后固定获得的资源，在游戏中同时承担着货币和经验值两种功能。通常会以数值形式显示在界面右上角，偶尔也会作为奖励分布在地图中。